L'ANFR est placée auprès du ministère en charge des Communications électroniques. Ses partenaires de travail quotidiens sont, au plan national, les affectataires, les opérateurs et les industriels.
Un affectataire de bandes de fréquences est un département ministériel, ou un établissement qui le représente, ou une autorité administrative indépendante ayant accès à une ou plusieurs bandes de fréquences :
- pour son usage propre dans le cas d'un département ministériel ;
- ou en vue de l'attribution de fréquences à des tiers dans le cas d'une autorité administrative indépendante (par exemple, l'ARCEP traite avec les opérateurs de télécommunication et l'Arcom avec les opérateurs de l'audiovisuel).
Cette définition peut être élargie à d'autres entités pour tenir compte des spécificités des espaces d'outre-mer.
Les représentants des affectataires siègent au conseil d'administration de l'Agence et dans les commissions consultatives qu'elle a créées.
Ministère de l’Intérieur
Ministère des Armées
Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche, et de l’Innovation
Centre national d’études spatiales
Administration de l’aviation civile
Administration des ports
et de la navigation maritime
Haut-Commissaire de la République
ou administrateur supérieur dans les COM
Administration de la météorologie
Télécommunications
dans les territoires d’Outre-Mer
Autorité de régulation
des communications électroniques
et des postes
Autorité de régulation
de la communication audiovisuelle
et numérique